Переместите функцию щелчка $ ("# StartStop") внутри функции готовности документа, как показано ниже
$(function() {
registerClock();
setTime();
$("#startstop").click(function() {
//alert('change')
if (stopWatchRunning == false) {
startTime = new Date();
stopWatchRunning = true;
} else {
stopWatchRunning = false;
}
});
});