Ваше приложение работает в браузере? Возможно, вам придется установить фокус на объект SWF (через JavaScript), чтобы начать взаимодействие с ним, не щелкая объект в первую очередь.
Например, если вы используете Flex Builder, попробуйте добавить такую строку в конец тега SCRIPT вашего файла index.template.html:
window.onload = function()
{
document.getElementById("${application}").focus();
};
Возможно, вам придется немного подправить в зависимости от вашей конкретной ситуации, но это, вероятно, проблема. Установка фокуса на объекте Flash явно должна помочь. Надеюсь, это поможет!