Когда я хочу сделать заново весь файл в vim, я использую следующую последовательность клавиш:
г г В Г =
Для вас, g g перемещает курсор в начало файла. V входит в визуальный режим. G выбирает до конца файла. = отступ для выбранных строк.
Это должно быть намного быстрее, чем ваш метод применения отступа строка за строкой, но при этом будут использоваться те же правила (предупреждение: при использовании Omlet отступ для целого файла может занять некоторое время).