Если вы говорите о <compilation debug="true">, значит, вам не нужно перестраивать ваше решение / проект.
Речь идет о компиляции ASP.NET, а не о вашей обычной компиляции проекта. При каждом запуске приложения ASP.NET, если оно не было опубликовано до его компиляции, ядро ASP.NET будет компилировать ваши пользовательские элементы управления, код с выделенным кодом и другие области вашего веб-приложения при первом обращении к вашему веб-сайту.