Надеясь, что кто-то может помочь, дайте мне знать, возможно ли то, что я ищу, с помощью карты температур или матрицы в R?
У меня есть следующая тепловая карта, и мне нужно сделать, например, градиенты столбца H красного цвета, градиент столбца J зеленого цвета, градиент столбца L оранжевого цвета и остальные градиенты серого цвета.
Я также хотел бы, чтобы значения отображались в полях на тепловой карте / матрице.
Superheat_image
Пробовал разные пакеты, код, который я наконец-то использовал для получения примера изображения -
library(dplyr)
library("RColorBrewer")
library(pheatmap)
library(superheat)
library(ComplexHeatmap)
library(gplots)
heatmap<-read.csv("C:/Users/Documents/R/wd/Stack_example.csv",sep=',',quote=NULL,comment='',check.names=FALSE,header= TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
row.names(heatmap) <- heatmap$C
heatmap_matrix1<- heatmap[,2:7]
heatmap_matrix <- data.matrix(heatmap_matrix1)
X.col <- matrix("black", ncol = ncol(heatmap_matrix), nrow = 19)
selected.rows <- sample(1:nrow(heatmap_matrix), 19)
X.col[scale(heatmap_matrix[selected.rows, ]) < 0] <- "white"
superheat(heatmap_matrix,bottom.label.text.size = 1.5,bottom.label.text.angle = 45,left.label.text.size = 1.5)
matrix(1:114, ncol = 6) %>%
superheat(heatmap_matrix[selected.rows,],
X.text = round(as.matrix(heatmap_matrix[selected.rows, ])),
bottom.label.text.size = 2,bottom.label.text.angle = 45,left.label.text.size = 2 ,X.text.size =2
,pretty.order.rows = TRUE,
pretty.order.cols = TRUE,n.clusters.cols =6)
Это данные -
C,G,H,I,J,K,L,M
Row1,2,-73,2034,0,2,45,-30
Row2,12,-71,2069,0,12,54,-29
Row3,6,-77,1722,0,6,48,-35
Row4,6,-79,2251,0,6,49,-36
Row5,268,195,1974,0,281,311,225
Row6,348,283,2054,0,371,392,304
Row7,167,86,2123,0,171,210,125
Row8,167,86,2265,0,171,210,125
Row9,167,86,2461,0,171,210,125
Row10,161,82,2207,0,165,203,120
Row11,147,72,2244,0,151,187,108
Row12,147,72,1882,0,151,187,108
Row13,140,65,1924,0,144,180,101
Row14,256,185,2076,0,273,300,212
Row15,225,150,2092,0,238,269,181
Row16,174,95,2198,0,183,218,130
Row19,170,90,2006,0,176,213,127
Row17,170,90,2156,0,176,213,127
Row18,170,90,2173,0,176,213,127
Спасибо
Evan