Вы можете проанализировать строку запроса, используя com.mongodb.BasicDBObject#parse(java.lang.String), чтобы получить ваш запрос в DBObject. Затем вы можете создать свой запрос, используя AdvancedDatastore#createQuery(Class<T>, com.mongodb.DBObject), после чего у вас будет "обычный" Query, который вы можете выполнить, как и любой другой Query. Ссылка Datastore, которая у вас есть, - AdvancedDatastore, поэтому вам нужно только привести эту ссылку, чтобы иметь доступ к этому методу.
В моей дорожной карте раскрыто гораздо более аккуратно в 2.0, но я яростно заканчиваю разработку 1.5, чтобы сосредоточиться на 2.0.