Основной причиной этого является создание двух файлов с одинаковым именем (игнорировать регистр). По умолчанию git проверяет имя файла без учета регистра.
Если вы действительно хотите сохранить оба этих файла, вам нужно указать git не проверять имя файла в регистре игнорирования
Вы можете редактировать .git/config
[core]
ignorecase = false
Также вы можете установить его глобально
$ git config --global core.ignorecase false
Если вы хотите сохранить один файл, вам нужно удалить другой файл.
git rm oldfile
git add .
git commit -m "message"
Вы можете обратиться к git rm
документации , чтобы узнать больше