Это было бы так же просто, как ...
magick input.tif flag.png output.tif
В идеале вы должны создать скрипт powershell для перебора всех файлов в каталоге.
Get-ChildItem "C:\Full\Path\To\Files" -Filter *.tif -Exclude "output_*" |
Foreach-Object {
$input = Get-Content $_.FullName
$output = "output_" + $input
magick.exe $input flag.png $output
}
Я никогда не работаю с платформой Windows, поэтому понятия не имею, имеет ли приведенный выше пример правильный синтаксис, но он должен помочь вам начать работу.