Я бы посоветовал вам хранить эти переменные в хранилище ключей, это наиболее безопасный вариант. Однако, очевидно, что вам нужны ключи для доступа к хранилищу ключей.
Если вы запускаете свое веб-приложение в Azure, это будет легко. Вы можете использовать управляемую идентификацию, чтобы присвоить идентификацию своему веб-приложению, и предоставить этот доступ KV, готово. Если вы работаете вне Azure, следующим лучшим методом будет создание субъекта службы, который аутентифицируется с помощью сертификата, предоставление этому субъекту доступа к хранилищу ключей, затем сохранение закрытого ключа на веб-сервере и использование его для аутентификации. См. здесь для получения подробной информации о создании субъекта службы.