На самом деле вы должны правильно настроить свои отношения, чтобы вы могли
$companies = Company::all();
foreach($companies as $company){
foreach($company->employees as $employee){
if($employee->active){
....
}
}
}
Но в вашем случае вы можете изменить свою первую строку на
$employee = Employee::where('user_id', Auth::user()->id)->first();
, который будет возвращать коллекцию объектов Employee
, а не массив, поэтому вам не нужно использовать [index]
для получения первого объекта.