Как уже говорили другие, это стандартное поведение Java и не должно быть обойдено.
Возможно, вам лучше создать другую папку вне исходной папки.
Однако в Eclipse есть способ сделать это, имейте в виду, что это может помешать вам, если вы позже попытаетесь построить вне Eclipse, так как другие инструменты не соблюдают эти настройки.
Вы можете исключить папку из исходного пути, открыв свойства проекта.
Выбор Путь сборки Java -> Источник
Выберите соответствующую исходную папку и выберите Исключено: дочерний элемент
Нажмите кнопку Редактировать ... .
Нажмите кнопку Добавить рядом с Шаблоны исключений: панель
Добавьте папку и нажмите «Готово / OK» в редакторе.
Соответствующие ресурсы теперь будут исключены из компиляции в Eclipse. Он все равно будет отображаться в виде пакета в редакторе.