Сбой установки пакета в R на MacOS - PullRequest
0 голосов
/ 08 мая 2018

Я попытался установить два пакета в R Studio: tidyverse и quantmod. Однако оба дают мне ошибки, и я не могу понять, почему (поиск в Google не помогает понять проблему).

За аккуратный стих я получаю:

> install.packages("tidyverse")
also installing the dependency ‘xml2’


  There are binary versions available but the source versions are later:
          binary source needs_compilation
xml2       1.1.1  1.2.0              TRUE
tidyverse  1.1.1  1.2.1             FALSE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source packages ‘xml2’, ‘tidyverse’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/xml2_1.2.0.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 251614 bytes (245 KB)
==================================================
downloaded 245 KB

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/tidyverse_1.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 61647 bytes (60 KB)
==================================================
downloaded 60 KB

* installing *source* package ‘xml2’ ...
** package ‘xml2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/libxml2
Using PKG_LIBS=-L/usr/lib -lxml2 -lz -lpthread -licucore -lm
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
 * deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘xml2’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/xml2’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘xml2’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘xml2’ is not available for package ‘tidyverse’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/tidyverse’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘tidyverse’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/rs/dj94tlfj263dzp30z6kvqb5m0000gn/T/RtmpH2BAQU/downloaded_packages’

и для QuantMod я также получаю две ошибки:

make: gfortran-4.8: No such file or directory
make: *** [period.max.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘xts’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/xts’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/xts’

make: gfortran-4.8: No such file or directory
make: *** [movingAverages.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘TTR’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/TTR’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘TTR’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘TTR’ is not available for package ‘quantmod’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/quantmod’

Я думаю, что это может иметь отношение к моему пути, но я не достаточно опытен, чтобы заставить его работать.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 22 марта 2019

Я столкнулся с той же проблемой. Я наконец решил это по ссылке на здесь

Сначала вручную установите lxml2 по инструкции libxml2 web , но при установке произошла ошибка:

...
mkdir: /usr/include: Operation not permitted
...

Затем изменил префикс на:

./configure --prefix=/usr/local --disable-static --with-history && make
sudo make install

Затем снова установите пакеты R "xml2" и Ok.

0 голосов
/ 09 мая 2018

Это было решено для меня удалением всех версий R, которые я установил через Homebrew:

brew uninstall --force r

, а затем переустановите его из CRAN здесь .

...