С bluesky.com
"Файл .aux (вспомогательный) - это место, где LaTeX хранит всю информацию о счетчиках (например, номерах разделов), сносках, библиографических записях, ссылочных отметках и обо всем, что может понадобиться LaTeX для отслеживания. Этот файл перезаписывается всякий раз, когда файл набирается с помощью LaTeX. Всякий раз, когда документ набирается, LaTeX читает этот файл, чтобы получить необходимую информацию, и записывает в него после завершения набора текста, поэтому изменения в счетчиках не вступят в силу, пока не будет запущен LaTeX дважды, поскольку файл .aux не обновляется в первый раз. В файле .bib хранится вся библиографическая информация. Вы можете создать этот файл самостоятельно или использовать BibTeX для его создания. файл содержит всю информацию, необходимую для создания оглавления. Этот файл создается, когда LaTeX видит команду \ tableofcontents, а имена разделов, номера и номера страниц считываются из файла .aux. "