Вы хотите использовать Physics.ComputePenetration()
Его можно использовать для определения немного большего, чем просто пересекаются ли они, но если это все, что вам нужно, он отлично справляется со своей работой.
https://docs.unity3d.com/ScriptReference/Physics.ComputePenetration.html
Введите правильные аргументы, и он вернет true, если коллайдеры перекрываются.
Пример:
BoxCollider box1; //first collider
BoxCollider box2; //second collider
float distance; //how far they need to move apart
Vector3 direction; //which direction they need to move apart in
bool hasCollided = ComputePenetration( box1, box1.transform.position, box1.transform.rotation,
box2, box2.transform.position, box2.transform.rotation,
out direction, out distance);