В действительности порядок определяется не VS 2008, а компилятором. Я знаю, что вы не указали язык, но я буду использовать C # в качестве примера (я уверен, что многие другие языки также послужат хорошим примером). Если вы использовали C #, то компилятор сначала обрабатывает csc.rsp (файл ответов, расположенный рядом с csc.exe), а затем параметры командной строки / r :. Порядок операций определяет, на какую сборку ссылаются. Поэтому сначала нужно найти ссылки на сборки в csc.rsp, а затем найти сборки командной строки. Это было время компиляции.
Вот документы для файла ответов C #:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/8a1fs1tb(VS.71).aspx
Вот документы для параметров компилятора командной строки C #:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/2fdbz5xd(VS.71).aspx
Вам придется использовать компилятор командной строки, если вы хотите использовать пользовательский файл ответов. В противном случае ссылки, которые вы добавляете в папку ссылок проекта, определяют, что будет отображаться в командной строке при сборке в VS. Вы можете увидеть порядок, в котором эти ссылки появляются в командной строке, выполнив сборку и посмотрев в окно вывода, Ctrl + W + O.
Привязка сборки во время выполнения не определяется ни VS, но, скорее, CLR. Быстрое суммирование заключается в том, что CLR ищет, загружала ли сборка ранее в память, проверяет GAC, а затем выполняет зондирование, основываясь на том, был ли явный вызов Load в коде, а затем на настройках файла конфигурации для codeBase, а затем набор папок в папке приложения, которые названы для версий сборок exe или dll. Вот ссылка MSDN:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/yx7xezcf.aspx
Тот факт, что вы задаете этот вопрос, заставляет меня задуматься, не является ли ваша мотивация решением проблемы привязки сборки. В пакете .NET Framework SDK имеется инструмент, который называется Просмотр журнала привязки сборки (Fuslogvw.exe), помогающий решить следующие проблемы:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/e74a18c4(VS.71).aspx
Пару лучших ресурсов в сети для работы с привязками сборок и программой просмотра журнала Fusion - Fusion Workshop Ричарда Граймса:
http://www.grimes.demon.co.uk/workshops/fusionWS.htm
Несколько лет назад Сюзанна Кук, которая была членом команды CLR, сделала отличную серию публикаций по связыванию CLR:
http://blogs.msdn.com/suzcook/default.aspx
Надеюсь, это поможет,
Джо