Ожидается, что String будет org.neo4j.values.virtual.VirtualNodeValue, но это был org.neo4j.values.storable.StringWrappingStringValue - PullRequest
Новая
       17

Ожидается, что String будет org.neo4j.values.virtual.VirtualNodeValue, но это был org.neo4j.values.storable.StringWrappingStringValue

0 голосов
/ 17 января 2019

Я пытаюсь использовать python и Neo4jrestclient для анализа геномных данных в Neo4j. Я пытаюсь сопоставить конкретный узел по метке (Allele), а затем два атрибута (pos и bp). У меня есть следующий код для заключительной части моего скрипта: 

if h1 and h2 == 0:
        q1 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(ref[j]),
        }
        result = db.query(q1, params=params)
        q1.relationships.create("Homozygous", s1, HTA=h1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)

    elif h1 == 0 and h2 > 0:
        q1 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(ref[j]),
        }
        result = db.query(q1, params=params)
        q2 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h2]),
        }
        result = db.query(q2, params=params)
        q1.relationships.create("Heterozygous, Haplotype A", s1, HTA=h1, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)
        q2.relationships.create("Heterozygous, Haplotype B", s1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)

    elif h1 > 0 and h2 == 0:
        q1 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h1]),
        }
        result = db.query(q1, params=params)
        q2 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(ref[j]),
        }
        result = db.query(q2, params=params)
        q1.relationships.create("Heterozygous, Haplotype A", s1, HTA=h1, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)
        q2.relationships.create("Heterozygous, Haplotype B", s1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)            

    elif h1 == h2 and h1 > 0:
        q1 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h1]),
        }
        result = db.query(q1, params=params)
        q1.relationships.create("Homozygous", s1, HTA=h1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)

    else:
        q1 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h1]),
        }
        result = db.query(q1, params=params)
        q2 = """MATCH (n:Allele) WHERE n.pos:`{pos}` AND n.bp:`{bp}` RETURN n"""
        params = {
            "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h2]),
        }
        result = db.query(q2, params=params)
        q1.relationships.create("Heterozygous, Haplotype A", s1, HTA=h1, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)
        q2.relationships.create("Heterozygous, Haplotype B", s1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)

Мне кажется, что я почти готов разобраться с проблемой (я новичок в Neo4jrestclient), но я получаю следующую ошибку и, похоже, нигде не могу найти ссылку на сообщение об ошибке в Интернете: 

    TransactionException                      Traceback (most recent call last)
<ipython-input-34-64544466d5e0> in <module>()
    192                 "pos": int(pos[j]), "bp": str(alt[j][h1]),
    193             }
--> 194             result = db.query(q1, params=params)
    195             q1.relationships.create("Homozygous", s1, HTA=h1, HTB=h2, GT=str(h1) + '|' + str(h2), seq_tech=seq_tech, dp=read_depth, phase_set=ps1, PL0=PL0, PL1=PL1, PL2=PL2, GP0=GP0, GP1=GP1, GP2=GP2)
    196 

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/client.py in query(self, q, params, returns, data_contents, tx)
    210                 self._cypher, self._auth, q=q, params=params,
    211                 types=types, returns=returns, data_contents=data_contents,
--> 212                 tx=tx
    213             )
    214             if tx is not None and tx.id in self._transactions:

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/query.py in __init__(self, cypher, auth, q, params, types, returns, lazy, data_contents, tx)
    322             tx.append(q=self.q, params=self.params, returns=self._returns,
    323                       data_contents=data_contents, obj=self)
--> 324             tx.execute()
    325         elif not lazy:
    326             self._get_elements()

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/query.py in execute(self)
    934         if self.auto_execute:
    935             self.url_commit = None
--> 936             return self.commit()
    937         if not self.url_tx:
    938             self._begin()

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/query.py in commit(self)
    946         else:
    947             url = u"{}/commit".format(self.url_begin)
--> 948         results = self._execute(url, results=True)
    949         self.finished = True
    950         return results

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/query.py in _execute(self, url, results)
    865         response = self._request(url, statements=self.statements)
    866         content = response.json()
--> 867         self._manage_errors(content["errors"])
    868         _results = self._update(content["results"])
    869         self.executed = self.references

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/neo4jrestclient/query.py in _manage_errors(self, errors)
    839                     message, error["code"], error["message"]
    840                 )
--> 841             raise TransactionException(200, message)
    842 
    843     def _begin(self):

TransactionException: Code [200]: OK. Request fulfilled, document follows.

Neo.ClientError.Statement.TypeError:
Expected String("T") to be a org.neo4j.values.virtual.VirtualNodeValue, but it was a org.neo4j.values.storable.StringWrappingStringValue

Я предполагаю, что есть проблема со значением "bp", которое я передаю в качестве параметра, но я использовал str () в каждом из этих параметров, а также ранее в скрипте, просто чтобы убедиться, , Cypher работает в браузере Neo4j, поэтому я предполагаю, что это связано с информацией, которую я передаю через API.

...