Я выполняю оптимизацию геометрии молекулы и минимизирую по отношению к извлеченным энергиям ДПФ молекулы. Вот моя команда BFGS:
res = minimize(fun,x0, method='L-BFGS-B',bounds=([3.0,5.0]),options={'ftol': 1e-08,'gtol':1e-4,'eps':1e-04})
, где fun
извлекает энергию энергии молекулы как предполагаемое расстояние, а x0
- начальное предположение.