Да, вы можете использовать setAttribute для изменения CSS одного элемента DOM, например:
document.getElementById("something").setAttribute("style", "color: red;");
Однако я считаю, что это плохая практика. Вы можете изменить таблицу стилей, как указал Мариус, выполнив:
document.styleSheets[0].cssRules[0].backgroundColor = "#FF0000";
или путем ручного редактирования атрибутов стиля элементов HTML, например:
document.body.style.backgroundColor = "#FF0000";
Я бы порекомендовал посмотреть jQuery , поскольку он имеет мощные и простые в использовании инструменты для изменения CSS элементов DOM. Это так просто, как:
$("#someID").css({"color": "red", "width": "100px"});