Я думаю, что комментарий @ aws_apprentice предполагал, что вы можете собрать module1 как правильный пакет python, написав для него setup.py , а затем установить его как зависимость от Mypkg. Но на ранних этапах разработки вы можете просто поместить одно git-репо в другое и .gitignore.
cd mypkg
git clone <https or ssh git thing>/module1
echo 'module1' >> .gitignore
git commit -am 'add module1 to gitignore'
затем обновить module1 от изменений, которые другой человек отправил в git,
cd mypkg/module1
git pull