Если под «использовать индексы» вы имеете в виду использовать их для оптимальных запросов, то ответ «да». С точки зрения базы данных Doctrine просто подготавливает запрос и получает данные, а MySQL решает, как будет выполняться запрос. Недостатком отсутствия определения этих индексов в Doctrine является то, что при использовании инструментов создания или переноса схемы Doctrine будет пытаться удалить их, так как, согласно сведениям Doctrine, они не должны существовать.