rowsum
добавляет все строки с одинаковым значением группы. Давайте возьмем более простой пример.
m <- cbind(1:4, 5:8)
m
## [,1] [,2]
## [1,] 1 5
## [2,] 2 6
## [3,] 3 7
## [4,] 4 8
group <- c(1, 1, 2, 2)
rowsum(m, group)
## [,1] [,2]
## 1 3 11
## 2 7 15
Поскольку первые две строки соответствуют группе 1, а последние 2 строки - группе 2, он суммирует первые две строки, дающие первую строку выходных данных, и суммирует последние 2 строки, дающие вторую строку выходных данных.
rbind(`1` = m[1, ] + m[2, ], `2` = m[3, ] + m[4, ])
## [,1] [,2]
## 1 3 11
## 2 7 15
То есть 3 формируется сложением 1 из строки 1 m и 2 из строки 2 m. 11 формируется путем добавления 5 из строки 1 м и 6 из строки 2 м.
7 и 15 сформированы аналогично.