Я лично сделал миграцию из Ant в Maven2. IMO, лучше написать pom.xml самостоятельно, чтобы вы не столкнулись с неожиданностями в последнюю минуту, а также получите полное общее представление о том, что именно вы делаете с файлом pom.
Однако, если вы все еще хотите использовать m2e, из моего опыта это не создало никаких проблем вообще. Что касается сборки - я думаю, не должно быть никаких проблем. Вы можете обратиться по этой ссылке, если вам нужна дополнительная информация о m2e и jekins - m2e и jenkins