Ответ Бретта верен, цель GenerateManifests запускается в середине цели CoreBuild (в Microsoft.Common.targets), поэтому лучшее место для обновления файла сборки - это в BeforeBuild .
Я предполагаю, что причина, по которой вы переключаете app.config, состоит в том, чтобы заменить конфигурацию той, которая имеет правильные значения для среды, которую вы публикуете? Если это так, прочитайте мою публикацию о публикации в нескольких средах ..., которая поможет ответить на вопросы типа «как переопределить цель BeforeBuild?».