В KNN вывод полностью зависит от ближайших соседей, что может быть или не быть хорошим выбором. Также он чувствителен к метрикам расстояния. Больше вы можете найти здесь . И отличная дискуссия о ее метриках расстояния может быть полезной для вас.
С другой стороны, CNN извлекает элементы из входных данных. Которые очень полезны для проведения анализа. И недавний успех в CNN специально wavenet для аудио приложения, я предпочту пойти с CNN.
Редактировать: Учитывая ваш размер данных, CNN не является хорошим вариантом здесь.