С точки зрения отладки вы можете отфильтровать, какие именно исключения вас интересуют.
В представлении Breakpoints есть "J!" кнопка. Откроется окно, в котором вы сможете выбрать, какие исключения вы хотите разбить.
Если проблема возникает только при тестировании JUnit, вам необходимо убедиться, что вы запускаете тесты в режиме отладки. Кнопка Rerun в JUnit будет работать в «нормальном» режиме.
Для запуска тестов в режиме отладки вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши по файлу и выбрать «Debug as -> JUnit Test» в меню.