Я пытаюсь собрать свой собственный пакет R.В этом пакете я пишу функцию, которая может автоматически преобразовывать имя гена в идентификатор гена.
Например, если я дам gene_name = S100A8, то он даст мне 6279
Iя пытаюсь использовать функцию ниже, и в моем пакете я также использую эту команду roxygen2 перед функцией, чтобы импортировать этот пакет в пространство имен:
#' @import org.Hs.eg.db
Когда я запускаю эту функцию внутри своего пакета (во время тестирования):
id <- function(gene_info) {
entrez_id <- as.numeric(unlist(mget(x=gene_info, envir=org.Hs.egALIAS2EG)))
}
Это всегда дает мне эту ошибку:
Error in mget(x = gene_info, envir = org.Hs.egALIAS2EG) :
second argument must be an environment
Я не уверен, как это сделать.Когда я запускаю этот код вне моего пакета, он работает.Тем не менее, в моем встроенном пакете это не удается.