Использовать drop
по всем значениям индекса:
df1 = df.drop(df.index)
Или DataFrame
конструктор только с параметром columns
:
df1 = pd.DataFrame(columns=df.columns)
Sample :
df = pd.DataFrame({'a':list('ab'), 'b':range(2)})
df1 = df.drop(df.index)
print (df1)
Empty DataFrame
Columns: [a, b]
Index: []