Это не большая проблема, но она не будет тривиальной. SubSonic 3 полностью переписан и работает совершенно по-другому. Многие функции 2.1 все еще существуют (например, свободный интерфейс для создания запросов), но вам действительно нужно хорошо понять новую архитектуру, прежде чем переходить к ней. Я бы предложил создать небольшой проект с использованием subsonic 3, чтобы привыкнуть к нему и понять, с какими проблемами вы столкнетесь, прежде чем пытаться перенести существующий проект. Также посмотрите документы на 3 и посмотрите видео, чтобы увидеть, как это теперь работает:
http://subsonicproject.com/docs/Main_Page