Вот как я это решил:
В моем файле configure.py мне нужно было создать pyqtconfig:
from PyQt4 import pyqtconfig
config = pyqtconfig.Configuration()
, а затем добавить каталоги для sip, чтобы включить:
command = " ".join(
[config.sip_bin, "-c", ".", "-b", build_file,
"-I"+config.pyqt_sip_dir,
"-I"+config.qt_inc_dir, config.pyqt_sip_flags,
"lib/GNUSyntaxHighlighter.sip"]
)