Обычно это трудная для отладки проблема, которая, вероятно, вызвана несовместимостью установленных плагинов. Вы можете попытаться запустить Eclipse / STS с параметром -clean, в результате чего среда выполнения переоценивает разрешение пакета (среди прочего), а в некоторых редких случаях это помогает. Но это не поможет, если есть реальная несовместимость. И это трудно определить извне, нам понадобится гораздо больше деталей для его устранения.
Я бы порекомендовал скачать готовый дистрибутив STS и перейти оттуда. Он содержит полный пакет Eclipse JEE плюс предустановленные плагины Spring IDE. Я знаю, что запуск с новой установки может потребовать дополнительной работы, если вам понадобится установить дополнительные сторонние плагины, но это, по крайней мере, даст вам хорошую отправную точку. И если проблема возникнет снова после установки определенных плагинов, у нас будет по крайней мере потенциально воспроизводимый путь к проблеме, который мы могли бы использовать, чтобы отследить проблему с нашей стороны.