Я собираюсь рассказать вам о том, что большинство из нас делает, как лучшие практики для написания пакетных файлов.
Никогда не назначайте кавычки для переменных. Вы можете использовать кавычки для защиты присваивания переменной. Это помогает защитить специальные символы в назначении, а также удерживает вас от назначения завершающих пробелов.
Привыкайте всегда использовать кавычки, чтобы окружать пути к файлам при использовании их с другой командой.
Вот так я бы написал ваш командный файл.
@echo off
set "_prefs=%APPDATA%\test\test\BrowserProfile\prefs.js"
set "_prefs_notes=%ProgramFiles(x86)%\test\tset1\Data\workspace\BrowserProfile\prefs.js"
#rem it works
copy /y "%_prefs_notes%" "%_prefs_notes%.copy1" > nul
CALL :AMEND_PREFJS "%_prefs_notes%"
EXIT /B
:AMEND_PREFJS
rem make copy of prefs file
#rem it does not work
copy /y "%~1" "%~1.copy" > nul
findstr /v "layers.acceleration.disabled" "%~1" > "%~1.tmp"
echo end
EXIT /B 0