Скрипт Paraview для экспорта позиции в файл CSV - PullRequest
Новая
       8

Скрипт Paraview для экспорта позиции в файл CSV

0 голосов
/ 08 мая 2018

У меня есть vtk файлы из численного моделирования, которые я обычно визуализирую с помощью ParaView. И я хотел бы представить некоторые результаты в документе LaTeX. Для этого мне нравится использовать CSV файлы. Хорошо, что Paraview может экспортировать данные в CSV файлы. Поэтому я могу экспортировать полную временную последовательность переменной плотности в последовательность файлов CSV.

НО, я бы хотел, чтобы эта позиция была включена в файлы CSV.

Вот что я могу сделать сейчас: 

#### import the simple module from the paraview
from paraview.simple import *
import os 
#### disable automatic camera reset on 'Show'
paraview.simple._DisableFirstRenderCameraReset()


### MY VARIABLES
Folder_output='E:\\My Documents\\VTKfiles'
FileNames_list=[os.path.join(Folder_output, f) for f in os.listdir(Folder_output) if os.path.isfile(os.path.join(Folder_output, f))]
nb_tStep=len(FileNames_list)
Arrays_out_list=[ 'Structured Coordinates:0', 'Structured Coordinates:1' ,' Structured Coordinates:2', 'density',]
CSV_File_Names='E:/My Documents/Results'


for t in range(0,nb_tStep):
    output_LBM_ = LegacyVTKReader(FileNames=FileNames_list[t] )

    ####
    PassArrays1 = PassArrays() 
    PassArrays1.PointDataArrays =  Arrays_out_list
    source = PassArrays1 
    writer = CreateWriter(CSV_File_Names+"{}.csv".format(t), source)
    writer.FieldAssociation = "Points" # or "Cells" 
    writer.UpdatePipeline() 
    del writer

1 Ответ

0 голосов
/ 10 мая 2018

Существует (как минимум) три варианта получения ваших точек и переменных из устаревшего файла VTK с использованием API Paraview или / и VTK.

Использование API Paraview 

from paraview.simple import *
cylindervtk = LegacyVTKReader(FileNames=['./cylinder.vtk'])
SaveData('./output.csv', proxy=cylindervtk)

и запустите его, используя pvpython: 

pvpython vtk_output_csv.py

Вы получите CSV-файл, похожий на этот: 

"density","Points:0","Points:1","Points:2"
1.2,0.5,0.5,0
1.2,0.5,-0.5,0
1.2,0.40451,0.5,-0.29389
1.2,0.40451,-0.5,-0.29389
1.2,0.15451,0.5,-0.47553
1.2,0.15451,-0.5,-0.47553
1.2,-0.15451,0.5,-0.47553
1.2,-0.15451,-0.5,-0.47553
1.2,-0.40451,0.5,-0.29389
1.2,-0.40451,-0.5,-0.29389
1.2,-0.5,0.5,-6.1232e-17
...

, который вы могли бы использовать позже в скрипте (Python или как-то еще) для выполнения некоторых действий постобработки или построения графика.

Использование API Paraview и VTK

Хотя первый вариант очень лаконичен, вам необходимо записать свои данные на жесткий диск, и вам, возможно, придется перезагрузить их позже. Если вы хотите выполнить пост-обработку или зарисовку действий только в одном скрипте Python, то вы пишете временные данные на жестком диске бесплатно.

В следующем коде используется интеграция numpy с VTK . Это позволяет вам загружать ваши координаты и точечные данные в массивы и экспортировать их в конце в файл CSV (или куда угодно): 

from paraview.simple import *
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa
import numpy as np

#Paraview reader
pv_reader = LegacyVTKReader(FileNames=['./cylinder.vtk'])

#Fetch the reader data and store them locally into a VTK object
vtk_data = servermanager.Fetch(pv_reader)

#Wrap the vtk_data VTK object to get the coordinates and PointData as numpy arrays
vtk_dataset_adapter = dsa.WrapDataObject(vtk_data)

coords = vtk_dataset_adapter.GetPoints()
density = vtk_dataset_adapter.PointData['density']

data_export = np.column_stack((coords,density))

header = "X Y Z density"
np.savetxt("output2.csv", data_export, header = header)

Использование только VTK API

Последний очень похож на второй, но использует только VTK API: 

import vtk
from vtk.numpy_interface import dataset_adapter as dsa
import numpy as np

#PolyDataReader must be modified depending on the type of the Legacy VTK input type
reader = vtk.vtkPolyDataReader()
reader.SetFileName("cylinder.vtk")
reader.ReadAllFieldsOn()
reader.Update()
vtk_data = reader.GetOutput()

vtk_dataset_adapter = dsa.WrapDataObject(vtk_data)

coords = vtk_dataset_adapter.GetPoints()
density = vtk_dataset_adapter.PointData['density']

data_export = np.column_stack((coords,density))

header = "X Y Z density"
np.savetxt("output3.csv", data_export, header = header)

Это решение может быть интересным, поскольку оно имеет только VTK в качестве зависимости, но также работает с pvpython, поставляемым с Paraview, поскольку VTK является зависимостью от Paraview.

...