FAQ охватывает это: https://developers.google.com/protocol-buffers/docs/faq#why-the-name-protocol-buffers
Почему название "Протокол Буферы"?
Название происходит от ранних дней формата, до того, как у нас был компилятор буфера протоколов для генерации классов для нас. В то время существовал класс ProtocolBuffer, который фактически служил буфером для отдельного метода. Пользователи будут добавлять пары тег / значение в этот буфер индивидуально, вызывая такие методы, как AddValue (tag, value). Необработанные байты были сохранены в буфере, который затем можно было записать после создания сообщения.
С тех пор часть имени "буферы" утратила свое значение, но мы все равно используем это имя. Сегодня люди обычно используют термин «сообщение протокола» для обозначения сообщения в абстрактном смысле, «буфер протокола» для ссылки на сериализованную копию сообщения и «объект сообщения протокола» для ссылки на объект в памяти, представляющий проанализированное сообщение.