У меня совсем недавно была такая же проблема.Динамический веб-модуль устанавливается Maven в соответствии с вашей версией javax.servlet-api .Поскольку Spring Boot 2.1.x импортирует Servlet-API версии 4.0, Maven меняет фасет проекта в соответствии с ним.
Установите версию Spring Boot на 2.0.8 или более новую, которая использует Servlet-API 3.1, и выиметь возможность развертывать ваше приложение в Weblogic 12c через Eclipse.