Попробуйте это
$question->tags()->updateExistingPivot($question->id, ['tag_id' => $newTag->id]);
Первое значение - это то, что вы хотите сопоставить. Если вы хотите сопоставить вопросы, то это должен быть идентификатор вопроса. Второй параметр - это столбцы, которые нужно обновить, поэтому передача его в массив с новым тегом будет работать. Я написал тест, и он работал нормально.
/** @test */
public function it_can_update_the_pivot_table()
{
// Create a Tag
$tag = factory(Tag::Class)->create();
// Create a Question
$question = factory(Question::Class)->create();
// Create a pivot table record
DB::table('question_tag')->insert(['question_id' => $question->id, 'tag_id' => $tag->id]);
// Assert that there is a pivot table record before we attempt to change it
$this->assertNotNull(DB::table('question_tag')->where([
['question_id', $question->id],
['tag_id', $tag->id],
]));
// Attempt to change the with the tag id of the tag we created above.
$question->tags()->updateExistingPivot($tag->id, ['tag_id' => 2]);
// Query all pivot table records with the question id
$new = DB::table('question_tag')->where(
'question_id', $question->id
)->first();
// assert that the pivot record was updated
$this->assertEquals(2, $new->tag_id);
}