Ваша структура HTML и SVG довольно сложна, поэтому я упростила ее до минимума. Вы жестко закодировали заливку как #fff в PATH, что затруднило влияние на цвет заливки каждой копии символа. Возможно, у вас есть веская причина вкладывать SVG в другие SVG, но, как вы видите, нет необходимости достигать желаемого результата. (Я удалил ПОЛИГОН, чтобы еще больше упростить проблему.)
Это работает, надеюсь, как вы и предполагали:
<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">
<defs>
<style>
.d1{
fill: red;
}
.d2{
fill: green;
}
.d3{
fill: orange;
}
</style>
<symbol id="icon-BusinessUnit">
<path d="M9.974 30.871h6.519v-6.666h3.918v6.666h6.519v-29.843h-16.955v29.843zM19.641 4.545h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM19.641 10.842h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM19.641 17.139h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM13.344 4.545h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM13.344 10.842h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM13.344 17.139h3.918v3.918h-3.918v-3.918zM28.451 3.701h8.452v27.17h-5.935v-6.068h-2.517v-21.102zM33.835 21.936h-0v-3.567h-3.567v3.567h3.567zM33.835 16.203h-0v-3.567h-3.567v3.567h3.567zM33.835 10.47h-0v-3.567h-3.567v3.567h3.567zM0 30.871v-27.17h8.452v21.102h-2.517v6.068h-5.935zM3.068 6.903v3.567h3.567v-3.567h-3.567zM3.068 12.636v3.567h3.567v-3.567h-3.567zM3.068 18.369v3.567h3.567v-3.567h-3.567z"></path>
</symbol>
</defs>
<use xlink:href="#icon-BusinessUnit" class="d1" transform="translate(0 0) scale(1)"/>
<use xlink:href="#icon-BusinessUnit" class="d2" transform="translate(100 0) scale(1.5)"/>
<use xlink:href="#icon-BusinessUnit" class="d3" transform="translate(200 0) scale(2)"/>
</svg>
В будущем, пожалуйста, просто сокращайте код, который вы предоставляете, чтобы мы могли сосредоточиться на тех частях, которые имеют отношение к вашему вопросу. И всегда полезно включать Codepen / Fiddle или подобное, иначе люди могут не найти время, чтобы установить его для вас. Смотри https://codepen.io/MSCAU/pen/KxybQ.