Мы можем использовать subset
от base R
subset(df2, sample1 %in% unlist(c(List1, List2)))
данные
df2 <- structure(list(sample1 = c("a", "c", "b", "c", "a", "d", "d"),
sample2 = c("b", "c", "c", "d", "c", "f", "h"), N = c(2L,
1L, 3L, 2L, 3L, 1L, 3L)), class = "data.frame", row.names = c(NA,
-7L))
List1 <- list('a', 'b')
List2 <- list('c')