Элегантный ответ, основанный на регулярном выражении и на том факте, что все представляющие интерес значения заключены в квадратные скобки
import re
pat = r'(?<=\[).+?(?=\])'
s = """{'CO,': {u'123456': [55111491410]},
u'OA,': {u'3215': [55111400572]},
u'KO,': {u'asdas': [55111186735],u'5541017924': [55111438755]},
u'KU': {u'45645': [55111281815],u'546465238': [55111461870]},
u'TU': {u'asdfds': [55111161462],u'546454149': [55111128782],
u'546454793': [55111167133],u'546456387': [55111167139],
u'546456925': [55111167140],u'546458931': [55111226912],
u'546458951': [55111226914],u'546459861': [55111226916],
u'546460165': [55111403171, 55111461858]}}"""
print('[%s]' % ', '.join(map(str, re.findall(pat, s))))
выход
[55111491410, 55111400572, 55111186735, 55111438755, 55111281815, 55111461870, 55111161462, 55111128782, 55111167133, 55111167139, 55111167140, 55111226912, 55111226914, 55111226916, 55111403171, 55111461858]