Сертификаты основаны на доверии. Центры сертификации выдают сертификаты и подписывают их, используя свои корневые сертификаты. Браузеры поставляются с набором доверенных корневых сертификатов от таких центров сертификации, как VeriSign.
Возможно, ваш сертификат получен от центра сертификации, подписанного корневым сертификатом, которому доверяет только IE8, а не ваша конкретная версия Firefix. Вы можете проверить сертификат, чтобы увидеть, как он подписан.
Фактически, если вы не приобрели свой сертификат в центре сертификации, вы можете вместо этого настроить его так, чтобы ваш сертификат был доверенным для Windows. IE8 использует Windows для доверия, но я считаю, что Firefox не полагается на Windows. Особенно на Ubuntu.