В стеке LAMP я смог использовать:
> php_value auto_prepend_file bootstrap.php
в .htaccess для загрузки набора команд, которые я хотел выполнить до того, как какая-либо страница была обработана.
Можно ли сделать то же самое в IIS 6.0?
UPDATE:
Не самое симпатичное решение, но так как у меня есть один сайт на этом сервере, я просто добавил параметр auto_prepend_file в php.ini и перезапустил IIS