Один из вариантов - добавить уникальное ограничение на три столбца в вашей таблице, которые определяют уникальность. Затем попытка вставить повторяющуюся запись должна привести к исключению Java. Но это может привести к сбою всей партии. Если вы хотите другой вариант, вы можете изменить свой запрос следующим образом:
INSERT INTO mytable
SELECT ?, ?, ?
WHERE NOT EXISTS (SELECT 1 FROM mytable
WHERE id = ? AND col2 = ? AND col3 = ?);
С этим запросом вы связываете значения дважды следующим образом:
preparedStatement.setInt(1, id);
preparedStatement.setString(2, col2);
preparedStatement.setString(3, col3);
preparedStatement.setInt(4, id);
preparedStatement.setString(5, col2);
preparedStatement.setString(6, col3);