Я пытаюсь получить данные из пакета TCGA2STAT, но, похоже, не могу обойти эту ошибку:
Данные RNASeqV2 будут импортированы! Это может занять некоторое время!
запущенная команда 'C: \ Rtools \ bin \ tar -ztf "OV-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"' имела статус 2
tar (дочерний): gzip: Невозможно выполнить: Нет такого файла или каталога
tar (дочерний): ошибка не может быть исправлена: выход сейчас
/ Rtools / bin / tar: Child вернул статус 2
/ Rtools / bin / tar: ошибка не устраняется: выход из программы
C: \ Rtools \ bin \ tar -zxf "OV-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" вернул код ошибки 2
Ошибка в file.rename (from = fileList, to = fname):
'от' и 'до' имеют разную длину
Вот мой код:
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")
TCGA_OV <- getTCGA(disease = "OV", data.type = "RNASeq2", clinical = T)
Я попытался устранить неполадки пути tar и ошибки file.rename, но не смог обойти эту проблему (уже пришлось исправить некоторые другие вещи - R 3.5.1, похоже, не работает с Rtools). Спасибо за вашу помощь!