R ComplexHeatMap добавить значение в полях и удалить dendo

Question

Как мне объединить эти две вещи в R? Я хочу скрыть дендрограмму и показать значения?

library(ComplexHeatmap)

Это показывает значения -

Heatmap(mat, 
name = "foo", cell_fun = function(j, i, x, y, width, height, fill) 
{
grid.text(sprintf("%.1f", mat[i, j]), x, y, gp = gpar(fontsize = 10))
}
)

Это скрывает дендрограмму -

heatmap(mat, Colv=NA, Rowv=NA)

Данные -

set.seed(123)

mat = cbind(rbind(matrix(rnorm(16, -1), 4), matrix(rnorm(32, 1), 8)),
            rbind(matrix(rnorm(24, 1), 4), matrix(rnorm(48, -1), 8)))

# permute the rows and columns
mat = mat[sample(nrow(mat), nrow(mat)), sample(ncol(mat), ncol(mat))]

rownames(mat) = paste0("R", 1:12)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)

Answer 1

Чтобы скрыть дендограмму в ComplexHeatmap::Heatmap доступны два аргумента show_row_dend и show_column_dend:

library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat, 
        name = "foo", cell_fun = function(j, i, x, y, width, height, fill) 
        {
          grid.text(sprintf("%.1f", mat[i, j]), x, y, gp = gpar(fontsize = 10))
        },
        show_row_dend = FALSE,
        show_column_dend = FALSE)
)

Для установки пакета:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ComplexHeatmap")