Если функция с циклом не работает, попробуйте запустить ее для первого случая, без цикла. Полученные сообщения об ошибках довольно ясны. Файл не существует, так как у вас есть только имя файла, но не путь, и вы изменили каталоги.
Вместо этого вы можете сделать это:
library(raster)
ff <- list.files("D:/mtech project/data/DEC 16/RH/1-DEC-16/extracted/", pattern="\\.tif$", full.names=TRUE)
n <- length(ff)
r2 <- raster("D:/mtech project/data/extracted/3DIMG_01DEC2016_0000_L2C_FOG_FOG.tif")
for (i in 1:n) {
r1 <- raster(ff[i])
f <- paste0('D:/mtech project/data/DEC 16/RH/RESAMPLED/rs_',i,'.img')
rs <- resample(r1, r2, method="bilinear", filename=f, overwrite=TRUE)
}
Или вообще избежать цикла и записать в один файл.
s <- stack(inFiles)
f <- 'D:/mtech project/data/DEC 16/RH/RESAMPLED/rs.img')
rs <- resample(s, r2, method="bilinear", filename=f, overwrite=TRUE)