Попробуйте, eloquent манипулирует только объектами, чтобы изменить таблицу, используйте фасад DB:)
DB::statement('ALTER TABLE `invoices` DROP INDEX
`invoices_erp_id_origin_customer_id_unique`, ADD UNIQUE
`invoices_erp_id_origin_customer_id_unique`
(`erp_id`, `origin`, `customer_id`, `podtyp`)');