Просто сделай это
y1 = fft(y);
Он вычисляет каждый столбец отдельно и делает это намного быстрее, чем при использовании цикла for.
В ответ на ваш оригинальный вопрос вам нужно будет сделать это так:
for k = 1: ncol
y1(:,k)= fft(y(:,k));
end
Вы пытались поместить весь столбец в один индекс, поэтому вы получили это сообщение об ошибке. Вам нужно выделить больше места, чтобы можно было сохранить весь столбец.