Установка копии локального на false работает только в том случае, если сборки находятся в глобальном кэше сборок. Любая сборка, которая не GACed, будет скопирована в проект, на который она ссылается.
Вы можете добавить в свой проект пользовательскую задачу MSBuild, которая впоследствии удаляет их из всех других проектов, кроме основного.