Да, это возможно. У меня есть несколько комбинаций на моих серверах. У меня есть один сервер, на котором одновременно установлены SQL Server 2000 и 2005. Мой рабочий стол на работе - Windows 2003 Server, и у меня установлены SQL Server 2005 и 2008 рядом.
То, что вы хотите, называется именованным экземпляром. Во время установки появится экран, на котором вы сможете дать ему имя.