Если вы переходите на ANT (или Maven, для вас фанаты Maven), вы можете очень хорошо автоматизировать здание Jar, а также использовать его вне Eclipse (например, в среде автоматической сборки). Все, что вам нужно сделать, это скопировать файлы из ваших папок src, jsp, foobar и ресурсов в промежуточную папку сборки, а затем Jar получившихся файлов с помощью задачи Jar ANT.
<target name="makejar" depends="compile, copyfiles">
<jar destfile="${jars.dir}/myjarfile.jar" index="true" basedir="${build.dir}" />
</target>
Одна вещь, на которую я смотрю свысока, это включение не источника (кроме файлов package.html для Javadoc) в папку src. Если вы чувствуете, что должны что-то сделать, чтобы достичь чего-то, значит, вы делаете это неправильно.