Когда вы делаете это в своем коде:
if(document.getElementById("btn").checked = true){
total = 0
}else if(document.getElementById("2ndbtn").checked = true){
total = 1;
}else{total = 0};
Вы фактически устанавливаете проверенное значение на true, а не проверяете, верно ли оно. Поэтому вам придется изменить это на:
if(document.getElementById("btn").checked){
total = 0
}else if(document.getElementById("2ndbtn").checked){
total = 1;
}else{total = 0};
Тогда это должно сработать.